3社間ファクタリングとは将来に取引先から受け取る予定の売掛金の買取サービスで、クライアントと買取契約が結ばれます。債権の買取契約が成立すると、ファクタリング会社はクライアントの取引先（支払い企業）に連絡して債権買取の同意を得ます。支払期日になると、支払い企業はクライアントではなくてファクタリング会社の口座に支払金を直接入金します。売掛金の支払いが行われると、一連の取引が完了する仕組みです。
3社間ファクタリングの最大のメリットは、売掛金の買取金額の割合が高い（手数料が安い）ことです。3社間であれば、売掛債権の買取金額は95～99%と高く設定されています。手数料が低い理由は、クライアントの口座を経由せずに売掛金が支払われることで貸し倒れのリスクが低いことです。債権の買取を行う際に貸し倒れリスクが低いため、審査に通過しやすいというメリットもあります。
3社間で債権の買取サービスを行う会社は、銀行の子会社などの大手会社で安心して利用ができることもメリットといえます。3社間ファクタリングの大きなデメリットは、取引先（支払い企業）に売掛債権の買取サービスを利用していることを知られてしまうことです。資金繰りに苦しい会社とみなされると、取引が停止されたり以前よりも不利な条件でしか取引に応じてもらえなくなる恐れがあります。取引先の会社に売掛債権の買取サービスを利用していることを知られたくない場合には、2社間のサービスを利用することができます。